2023年5月11日
接上期，2023年一季度肿瘤抗原特异性T细胞治疗的靶点发现和验证领域成果总结，我们将从如下5个维度横向比较6篇文献，为研究者展现研究方法与研究成果之间的关系：
- 抗原靶点来源
- 组学数据类型
- 质谱检测
- 抗原MHC生信分析工具
- 抗原特异性T细胞检测
Neoantigen-targeted CD8+ T cell responses with PD-1 blockade therapy
发表于Nature 杂志(2021年影响因子 69分 ) ：
- 抗原靶点筛选为自主采集测试的组学数据。
- 转录组数据46例，WES测序数据11例。
- 没有使用质谱方法捕获HLA结合的抗原肽。
- 抗原肽来自于pVACtools软件对组学数据的挖掘。
- 共挖掘出246个抗原，使用172种pMHC多聚体研究对应172种抗原特异性T细胞。
Broadly applicable TCR-based therapy for multiple myeloma targeting the immunoglobulin J chain
发表于Journal of Hematology & Oncology杂志(2021年影响因子 23分 ) ：
- 抗原靶点没有自主检测组学数据，数据来自于NCBI-GEO基因表达数据库。
- 转录组数据138例，未使用DNA测序数据。
- 使用质谱方法捕获HLA结合的抗原肽，进一步确认了抗原范围。
- 同时使用NetMHCv4.0软件对抗原与MHC的结合能力分析。
- 共发现9个新抗原，使用4种pMHC多聚体研究对应4种抗原特异性T细胞。
Identification of HPV16 E1 and E2-specific T cells in the oropharyngeal cancer tumor microenvironment.
发表于Journal for Immunotherapy of Cancer杂志(2021年影响因子12分 ) ：
- 抗原靶点来自于HPV的组成蛋白，该蛋白来自病毒学基础理论。
- 未用转录组数据、DNA测序数据。
- 未使用质谱方法捕获HLA结合的抗原肽。
- HPV 16 的组成蛋白E6和E7的抗原肽使用NetMHCv4.0软件预测挑选。
- 共研究了13个新抗原，使用13种pMHC多聚体研究对应13种抗原特异性T细胞。
Generation of TGFβR2(-1) neoantigen-specific HLA-DR4-restricted T cell receptors for cancer therapy
发表于Journal for Immunotherapy of Cancer杂志(2021年影响因子12分 ) ：
- 抗原靶点来自其他文献，被引用的文献使用TCGA和COSMIC肿瘤数据库确定蛋白突变的临床意义
- 文中未直接使用转录组数据、DNA测序数据。
- 未使用质谱方法捕获HLA结合的抗原肽。
- 联合使用NetMHCIIpan 3.2, NetMHCIIpan 4.0 and IEDB recommended 2.22数据挑选突变抗原肽。
- 共研究了2个新抗原，未使用pMHC多聚体检测对应抗原特异性T细胞，仅使用抗原刺激方法观察被刺激T细胞活性变化。
PRAME and CTCFL-reactive TCRs for the treatment of ovarian cancer.
发表于Frontiers in Immunology杂志(2021年影响因子8分 ) ：
- 使用来自于TCGA数据库的数据。
- 转录组数据2253例，未使用DNA测序数据。
- 使用质谱方法捕获HLA结合的抗原肽，进一步确认了抗原范围。
- 未使用NetMHCv4.0等软件对抗原与MHC的结合能力分析。
- 共分析了17个新抗原，使用4种pMHC多聚体研究对应4种抗原特异性T细胞。
Targeting the recurrent Rac1P29S neoepitope in melanoma with heterologous high-affinity T cell receptors.
发表于Frontiers in Immunology杂志(2021年影响因子8分 ) ：
- 抗原靶点来自其他文献，被引用的文献使用TCGA数据中1233例WES测序数据结论。
- 文中未直接使用转录组数据、DNA测序数据。
- 未使用质谱方法捕获HLA结合的抗原肽。
- 未使用NetMHCv4.0等软件对抗原与MHC的结合能力分析。
- 共分析了6个新抗原，使用6种pMHC多聚体研究对应6种抗原特异性T细胞。
Identification of T Cell Receptors Targeting a Neoantigen Derived from Recurrently Mutated FGFR3
发表于Cancers杂志(2021年影响因子6分 ) ：
- 抗原靶点来自于TCGA数据库。
- 使用DNA测序数据10182例，未使用转录组测序数据。
- 未使用质谱方法捕获HLA结合的抗原肽。
- 使用NetMHCv3.4/NetMHCpnav2.8软件对抗原与MHC的结合能力分析。
- 共分析了2个新抗原，使用2种pMHC多聚体研究对应2种抗原特异性T细胞。
总结
总结以上6篇文章，其内容中第一阶段均从组学数据定位了关键抗原靶点，以下手段是普遍使用的：
- 靶点来源：有自测靶点数据、有公共数据来源靶点、有其他文献挖掘靶点。
- 靶点的组学数据特征：转录组测序数据、DNA的WES测序数据。
- 是否通过质谱检测抗原肽：使用抗HLA抗体捕获HLA后，通过洗脱HLA结合的多肽进行抗原候选目标筛选。
- 抗原MHC结合的生物信息分析：NetMHCv4.0是主流程序，此外还有pVACtools、NetMHCIIpan 3.2, NetMHCIIpan 4.0 and IEDB recommended 2.22等程序。
- pMHC四聚体检测抗原特异性T细胞。
